Soutenance de thèse - M. Clément COCLET (M.I.O. & MAPIEM)

Le Bureau des Études Doctorales a le plaisir de vous informer que

Monsieur Clément COCLET

Doctorant au laboratoire M.I.O. & MAPIEM

sous la direction de

Monsieur Jean-François BRIAND, Maître de Conférences, Université de Toulon (MAPIEM), co-directeur de thèse,

Monsieur Benjamin MISSON, Maître de Conférences, Université de Toulon (M.I.O.), co-directeur de thèse,

Monsieur Cédric GARNIER, Maître de Conférences-HDR, Université de Toulon, directeur de thèse,

soutiendra publiquement sa thèse en vue de l’obtention du

Doctorat en Sciences de la Vie et de la Santé

sur le thème suivant :

« Impacts de la contamination multiple en éléments traces métalliques sur les communautés microbiennes dans un environnement côtier fortement anthropisé : la rade de Toulon »

Mercredi 26 juin 2019 à 13h30

à l’Université de Toulon – Campus de La Garde –bâtiment K – Amphi K-018

devant un jury composé de :

  • M. Ahmed TLILI, Chargé de recherche, Eawag, Suisse Rapporteur
  • M. Robert DURAN, Professeur des Universités, Université de Pau et des Pays de l’Adour, Rapporteur
  • Mme Sabine STACHOWSKI-HABERKORN, Chercheur, IFREMER Nantes, Examinatrice
  • M. Gérald GREGORI, Chargé de Recherche, Aix-Marseille Université, Examinateur
  • Mme Cécile BERNARD, Professeur, Museum National Histoire Naturelle, Examinatrice
  • M. Jean-François BRIAND, Maître de conférences, Université de Toulon, Directeur de thèse
  • M. Benjamin MISSON, Maître de conférences, université de Toulon, Co-Directeur de thèse

Résumé

La rade de Toulon est un écosystème côtier fortement anthropisé qui présente un gradient multiple de contamination en éléments traces métalliques, qui en fait un site atelier remarquable. Le couplage des campagnes de terrain et des expérimentations en laboratoire a permis d’étudier l’impact de la contamination métallique sur les communautés microbiennes planctoniques et en biofilm. L’utilisation de la chimie analytique, de la cytométrie en flux et du métabarcoding a permis d’étudier plusieurs aspects des communautés, comme l’abondance et la diversité taxonomique en réponse à la contamination métallique dans la rade de Toulon. Ainsi, les communautés d’ultraphytoplancton et de bactérioplancton ont montré une structuration spatiale forte le long des gradients métalliques. Les expérimentations en laboratoire ont montré que les ETMs jouaient un rôle important sur l’abondance et la diversité des communautés ultraplanctoniques, par des effets directs (toxicité) et indirects (couplage phytoplancton-bactérioplancton). La communauté microbienne de biofilm a été beaucoup moins impactée par les gradients métalliques dans la rade de Toulon que la communauté ultraplanctonique. En revanche, la communauté de biofilm a semblé influencée par sa proximité avec le compartiment sédimentaire, qui a pu fournir des microorganismes colonisateurs lors d’épisodes de remise en suspension. En conclusion, les ETMs ont semblé avoir un impact sur l’ensemble des communautés microbiennes de la rade de Toulon avec toutefois, des variations d’influence selon le compartiment.
Mots clés : Éléments traces métalliques, communautés microbiennes, bactérioplancton, ultraphytoplancton, biofilm microbien, écosystème côtier, rade de Toulon

Impacts of multiple contamination of trace metal elements on the microbial communities in a highly anthropized coastal environment : the Toulon bay

Abstract

Toulon Bay is a highly anthropized coastal ecosystem that present multiple trace metal contamination gradients, and was considered as a model system. The coupling of field campaigns and laboratory experiments were used to study the impact of trace metal contamination on both planktonic and biofilm microbial communities. Chemical analyses, flux cytometry, and metabarcoding were used to study several characteristics of communities, as abundance and taxonomic diversity in response to trace metal contamination in the Toulon Bay. Then, both ultraphytoplankton and bacterioplankton showed strong spatial patterns along the trace metal contamination gradients. Laboratory experiments showed that trace metals played an important role on both abundance and diversity patterns of ultraplanktonic communities, by both potential direct (toxicity) and indirect (phytoplankton-bacterioplankton interactions). Conversely to planktonic communities, trace metal contamination had limited impact on microbial biofilm community. In contrast, microbial biofilm community seemed to be influenced by surrounding sediments, and by potential colonizer taxa from benthic compartment resuspended during sediment resuspension events. In conclusion, trace metals seemed to have impacts on all the microbial communities of Toulon Bay, with variations of influence depending on the compartment.

Keywords : Trace metal elements, microbial communities, bacterioplankton, ultraphytoplankton, microbial biofilm, coastal ecosystem, Toulon bay