Le Bureau des Études Doctorales a le plaisir de vous informer que
Monsieur Nathan CARRIOT
doctorant au laboratoire MAPIEM rattaché à l’École Doctorale 548 « Mer & Sciences »
soutiendra sa thèse en vue de l’obtention du Grade de Docteur
sous la direction de
- M. Gérald CULIOLI, Professeur des Universités, Université d’Avignon&
- Mme Annick ORTALO-MAGNÉ, Maitre de conférences,Université de Toulon, codirectrice
Discipline : «Chimie»
Spécialités : «Métabolomique et Biochimie»
sur le thème
Caractérisation de la production métabolique de biofilms marins. Vers une application à l’étude de biofilms complexes in situ
vendredi 04 février 2022 à 14h00
à l’Université de Toulon, Campus La Garde – Amphi du bâtiment M
devant un jury composé de
- M. Samuel BERTRAND, Maitre de Conférences-HDR, Université de Nantes, rapporteur
- Mme Claire PRIGENT-COMBARET, Directrice de Recherche-CNRS, Université Claude Bernard Lyon 1, rapporteure
- M. Jean ARMENGAUD, Directeur de Recherche, CEA Marcoule, examinateur
- Mme Nathalie DUPUY, Professeure des Universités, Aix-Marseille Université, examinatrice
- Mme Valérie MICHOTEY, Professeure des Universités, Aix-Marseille Université, examinatrice
- Mme Annick ORTALO-MAGNÉ, Maitre de conférences,Université de Toulon, codirectrice de thèse
- M. Gérald CULIOLI, Professeur des Universités, Université d’Avignon, directeur de thèse
Résumé
Le phénomène de biofouling est un processus naturel qui impacte toutes les surfaces immergées en milieu marin engendrant des problèmes économiques et écologiques majeurs à l’échelle planétaire. Il est notamment induit par la formation de biofilms marins correspondant à la colonisation des surfaces immergées par des microorganismes s’organisant en communautés en s’entourant d’une matrice de substances polymériques extracellulaires (EPS). L’objectif de ce travail est l’utilisation et le développement de méthodologies permettant l’étude et la compréhension de l’étape précurseur de ce phénomène. La corrélation des données récoltées à partir des méthodes appliquées (métabolomique et réseau moléculaire, protéomique, dosages colorimétriques, microscopies, spectroscopies) permet une approche multi-échelles pour la caractérisation des biofilms. Ces développements visent, en premier lieu, à caractériser la production biochimique globale de biofilms in vitro pour ensuite analyser des biofilms naturels formés in situ. L’utilisation de ce large panel de techniques a permis de répondre à certaines questions scientifiques telles que l’impact des nutriments (phosphates), d’une enzyme (quorum sensing) ou de l’hydrodynamisme sur les biofilms formés.
Mot clés : Métabolomique ; réseaux moléculaires ; analyse multi-omiques ; biofilms marins, EPS.
Abstract: Characterization of the metabolic production of marine biofilms. Towards an application to the study of complex biofilms in situ.
The phenomenon of biofouling is a natural process that impacts all the surfaces submerged in the marine environment, generating major economic and ecological problems on a global scale. It is induced by the formation of marine biofilms corresponding to the colonization of submerged surfaces by bacteria organizing in communities by surrounding themselves with a matrix of extracellular polymeric substances (EPS). The objective of this work is the use and development of methodologies to study and understand the precursor stage of this phenomenon. The correlation of the data collected from the applied methods (metabolomics and molecular network, proteomics, colorimetric assays, microscopies, spectroscopy) allows a multi-scale approach for the characterization of biofilms. These developments aim, first of all, to characterize the overall biochemical production of in vitro biofilms and then analyse natural biofilms formed in situ. The use of this wide range of techniques has made it possible to answer certain scientific questions such as the impact of nutrients (phosphates), an enzyme (quorum sensing) or hydrodynamics on the nature of formed biofilms.
Keywords: Metabolomics; molecular networks; multi-omic analysis; marine biofilms, EPS
